En agosto de 1950 el nombre del equipo se cambió por el de Club Atlético Nacional. El Atlético Municipal no tuvo mayor figuración durante los primeros torneos del profesionalismo. El primer gol del campeonato y del club lo anotó Rafael Serna de pena máxima a los 15 minutos del primer tiempo. Los colores oficiales del club de son el rojo, negro y blanco, y tienen su origen en los colores de los clubes fundadores Frankfurter FC Viktori y Frankfurter FC Kicker, que lucían el rojo y blanco, real madrid camiseta y negro y blanco respectivamente.
