En la temporada 1992-93 se logró el ansiado ascenso a Segunda División A. El juego fue espectacular en buena parte de la temporada, camiseta manchester united influyendo en ese aspecto la fenomenal racha del sanluqueño Eduardo Rodríguez y sus 36 goles. Durante ese período el Hércules estuvo en Segunda B durante cuatro años. En la temporada 2003-04 llegaba Subirats al Hércules y, con él, José Carlos Granero.
