Bajo dicha denominación, disputaría los campeonatos de Segunda División de 2002, 2003 y 2004, año en el que, por problemas económicos, el club es obligado a desafiliarse, camisetas de futbol baratas disolviéndose la fusión entre los tres equipos. En el año 2015 se creó una subcomisión para implementar esta disciplina en el club. En 2006 el Hércules CF apadrinó un proyecto presentado por una científica valenciana afincada en Bolivia y desde entonces el Hércules de Alicante aporta infraestructuras y ayudas a una escuela de fútbol de la jungla boliviana en las afueras de Camiri en el Departamento de Santa Cruz.
