En 1961 el club creyó poder repetir la hazaña en la participación en la Copa de Europa. Flamengo cumplió con la lógica y termino llevándose la Copa Libertadores tras derrotar al Athlético Paranaense por 1-0 con gol de Gabriel Barbosa. Perdieron el partido por 4-2 frente al Klub Sportowy Górnik Zabrze, pero en la vuelta en White Hart Lane superó ampliamente a los polacos con un 8-1. La temporada terminó cayendo entre dos aguas, ya que perdió ante el Sport Lisboa e Benfica en las semifinales -club que a la postre logró revalidar el título frente al Real Madrid Club de Fútbol-, y acabó en tercer lugar en el campeonato doméstico tras el recién ascendido Ipswich Town Football Club -campeón y revelación del torneo- y el Burnley Football Club, equipacion real madrid pero logró vencer su cuarta F. A. Cup que le permitió disputar de nuevo una competición europea la temporada siguiente.
