En la temporada 1999-2000 el club acaba en la tercera posición de Segunda División, tras C. A. Osasuna y la U. D. Las Palmas, logrando así volver a la máxima categoría del fútbol español; ésta fue la primera temporada en la cual ascendieron directamente los tres mejores clasificados de Segunda en detrimento de los tres peores de Primera. El club debió jugar la promoción de descenso ante el Sevilla F. C., perdiendo por 0-2 en El Madrigal y 1-0 en Sevilla, despidiéndose así de la Primera División.
